Ting jeg har gått glipp av

Da jeg leste denne oppsummeringen av TV-serien (såpen?) Passions innså jeg at jeg virkelig har gått glipp av noe. Hva kan vel toppe en serie der en av karakterene spilles av en orangutang? Et tydeligere tegn på at jeg ser for lite TV kan vel neppe finnes. Her gjelder det å gifte seg rikt eller skaffe seg mengder av penger på annet vis så man får anledning til å se TV på formiddagen, hvem vet hvilke serier jeg går glipp av ved å jobbe?

Dyp kjærlighetsscene fra serien.

Lone rider of the rodents

Egentlig hadde jeg tenkt å skrive litt om dyreforsøk siden jeg nettopp har vært på kurs om temaet, men det får bli på et mer inspirert tidspunkt. Dog kan jeg nevne at et av høydepunktene var da en av foredragsholderne kalte hamstere "the lone rider of the rodents" i et foredrag om blant annet oppstalling av dyr (gnagere foretrekker å sloss litt fremfor å være alene i buret). Regner med det er derfor det finnes opptil flere spill med Harry the Hamster i hovedrollen. Når det først nå har blitt et hamstertema må jeg jo legge ved link til den offisielle Hamtaro siden.


Ellers har jeg oppdaget at det finnes en egen nettside viet bortføring av kuer (de blir selvsagt bortført av aliens), og jeg har brukt uanstendig mye tid på et spill der man driver sitt eget flyselskap (muligens et tegn på at jeg ikke har godt av fri tilgang til internett...). Noen har vært så greie at de har laget denne musikkvideoen slik at også jeg kan føle meg flink til å synge (ja, jeg tror i hvert fall at det er grunnen, det politiske budskapet er nok bare en tilleggsgreie...) Ja, og så blir det aldri feil med denne versjonen av I Will Survive (regner med at jeg ikke kjenner noen sarte sjeler - kun ondinger som kommer til å le).

Nobelpriser og tidsperspektiv

Da jeg hørte hvem som fikk Nobelprisen i kjemi i år fikk jeg virkelig perspektiv på hvor lang tid som går fra man faktisk gjør oppdagelsen til den blir anerkjent nok til å føre til en Nobelpris. Prisen gikk nemlig til Osamu Shimomura, Martin Chalfie og Roger Tsien for oppdagelsen av Green Fluorecent Protein (GFP), et protein som alle som jobber innenfor molekylærbiologi/cellebiologi har hatt en eller annen befatning med. Proteinet ble først beskrevet i 1955, og siden da har man identifisert det, karakterisert strukturen, klonet det og tatt det i buk på stadig nye områder. Tingen med GFP er at det, som navnet sier, avgir grønn fluorescens og dermed kan detekteres som grønt lys i et fluorescensmikroskop. Dermed er det et viktig redskap i forhold til visualisering av f.eks. strukturer i cellene, man kan feste det til et utvalgt protein og se hvordan det beveger seg i cellen, man kan inkorporere det i en spesifikk celletypes DNA og studere hvordan denne celletypen uvikler seg i f.eks. mus (mye brukt i kreftforskning) og mye mer. Selv har jeg brukt det til å bestemme hvilke celler som har tatt opp i seg en bestemt DNA-sekvens (sekvensen var merket med GFP), slik at disse kunne skilles fra de andre cellene (dette kan f. eks . gjøres ved hjelp av et Flow Cytometer).

GFP uttrykt i en flue

GFP har altså en mengde bruksområder, har vært kjent lenge og endte altså i en Nobelpris nå i 2008 - mer enn 50 år etter at det først ble oppdaget. Og sånn er det vel for de andre Nobelprisene også. Prisen i litteratur gis for forfatterskap, prisen i medisin ble i år delt mellom oppdagelsen av humant papillomavirus (HPV) og human immunodeficiency virus (HIV), prisen i fysikk gikk til pionerarbeid om kvarker (og alle vet vel at hvis det er nevnt i en lærebok så er det en stund siden det ble oppdaget...), fredsprisen gikk til en fredsmekler (noe som forsåvidt hadden en fryktelig logisk klang over seg) og prisen i økonomi gikk til arbeid med analyser av handelsmønstre og lokalisering av økonomisk aktivitet (muligens den mest oppdaterte prisen).

Konklusjonen blir vel at om man går med en liten Nobelprisvinner i magen bør man velge sitt felt med omhu, gjøre en genial oppdagelse/skrive en rekke revolusjonerende og gode bøker (her må man tenke på hvem som definerer en bra bok)/drive heftig lobbyvirksomhet i forhold til sitt (åpenbart) geniale fredsprosjekt og smøre seg med tålmodighet (og det går muligens noe kjappere dersom man er lur og velger å benytte sin genialitet til studier av økonomi - selvsagt med verden som perspektiv).

Intellektualisering - del IV

DNA-metylering

DNA-metylering er binding av en metylgruppe (CH₃- der C = karbon og H = hydrogen) til en av nukleotidbasene som DNA er bygget opp av (DNA er bygget opp av fire nukleotidbaser kalt Cytosin (C), Guanin (G), Tymin (T) og Adenin (A)).

Det er bare adenin og cytosin som man vet at metyleres. I flercellede eukaryoter (i denne gruppen finner vi blant annet fisker, mus og mennesker :-)) er DNA-metylering forbundet med ikke-aktivt kromatin (dvs. DNA som ikke aktivt produserer protein) og hemming av genuttrykk. Hemmingen forårsakes enten av at transkripsjonsfaktorer ikke er i stand til å binde til sine gjenkjennelsessekvenser når DNAet er metylert eller fordi det metylerte DNAet gjenkjennes av proteiner som rekrutterer co-repressorer som deaktiverer transkripsjon og modifiserer det omkringliggende kromatinet (dvs. pakker DNAet så tett at genene ikke kan transkriberes – som igjen fører til at det ikke produseres protein).

Man vet ikke så mye om de eksakte mekanismene som fører til at DNA metyleres i pattedyr, men det finnes flere teorier. En teori, som har oppstått fordi DNA-metylering er så utbredt, er at metylering er ”normaltilstanden” slik at bare DNA-sekvenser som er beskyttet mot metylering forblir umetylert.

Det finnes to hovedtyper metylering; vedlikeholdsmetylering og de novo-metylering. Vedlikeholdsmetylering er kopiering av eksisterende metyleringsmønstre fra ”mor”-tråden (den opprinnelige DNA-tråden) til ”datter”-tråden (den nye kopien)ved DNA-replikasjon. Denne formen for DNA-metylering finner sted ved replikasjonssentrene til DNAet i cellekjernen.

De novo-metylering er metylering av tidligere umetylerte CpG-seter (områder av DNA med CCGG-repetisjoner). Denne formen for DNA-metylering kan målrettes ved hjelp av flere mekanismer. Spesifikke domener på metyltransferasene (proteiner som utfører metyleringen) kan gjenkjenne mål-DNA, metyltransferasene kan rekrutteres av proteiner som fungerer som transkripsjonshemmere, eller metyltransferasene kan rekrutteres av RNA-interferens (RNAi) til spesifikke DNA-sekvenser.

Man tror også at DNA-metylering er viktig for å beskytte DNAet mot transposoninfeksjon. Transposoner er DNA-sekvenser som kan bevege seg rundt i genomet til cellene (de kan bare bevege sg rundt i DNAet til cellen de ”bor” i). Ved å bevege seg rundt kan transposonene forårsake mutasjoner i DNAet, aktivering av RNAi-signalveier, dannelse av kombinasjonstranskripter (en kombinasjon av f. eks to gener) og dysregulering av genuttrykk (dvs. at et gen kan uttrykkes på feil tidspunkt, i feilmengde eller ikke i det hele tatt).

Prokrastinering

Hvis det er noe jeg er god på så er det prokrastinering, og derfor burde jeg vel strengt tatt hatt en jobb av typen; dette er dine definerte arbeidsoppgaver - utfør disse. Det er jeg nemlig god til. Skriving av introduksjon til en avhandling som ikke skal leveres før en gang i det fjerne er derimot lik alt mulig annet enn det som burde gjøres (det blir litt; lese litt i aktuell artikkel/bok - oh, ny e-post, sjekke e-post, se om det er noe annet gøy på nettet, surfe, surfe, tilbake til artikkel/bok - syklusen gjentar seg). Selv en; burde skrive så mye som mulig på labjournalen nå fordi det blir supertravelt etter labkurset, ender slik fordi tre uker føles som et hav av tid. Heldigvis viser det seg at det er flere som befinner seg i min situasjon.

Mulig jeg burde gjøre noe nyttig istedenfor å skrive tulleinnlegg på bloggen, men jeg følger procrastination cats eksempel.

Gratulerer med dagen Silje!

Gratulerer så mye med 25 årsdagen!! Hipp, hipp hurra!

Og en virtuell gave er vel også på sin plass. Hvis ikke denne oppfyller dine krav til symaskin så vet ikke jeg:

Sniff

Ja, så begynte det å bli travelt og mye å gjøre med fag og på laben, og da var det mest naturlig at jeg skulle bli syk. Litt snufsete, vatt i hodet og vondt i halsen allerede på mandag - og siden da har det bare blitt verre. Ikke har det hjulpet å gå hjem tidligere, sove mer eller å ta mengder med vitaminer. I tillegg må jeg jobbe i helgen fordi vi nettopp har startet et celleforsøk der avtalen er at jeg passer cellene mens Rasmus er på ferie og så tar han seg av cellene mens jeg er i Oslo. Heldigvis har jeg med et lager med Ibux fra Norge og en plan om å rekke apoteket før det stenger i dag. Og kanskje det hjelper om jeg lager en liten voodoo-dukke av ondingene som smittet meg, i det minste på humøret...

Oppdatert: Nesen min har sluttet å virke. Død over bihulebetennelser!

Kommunikasjonssvikt

Ingenting er som når man prøver å forklare årsaken til kommunikasjonssvikt og selve forklaringen og mangel på forståelse av den beviser det man prøver å si.

Intellektualisering - del III

Steroidogen faktor 1

Steroidogen faktor 1 (SF-1) er en kjernereseptor som regulerer endokrin utvikling og funksjon. SF-1 binder fosfolipider i sitt LBD, er konstant aktiv og binder DNA som en monomer. SF-1 interagerer med en rekke cofaktorer som hemmer eller forsterker aktiviteten til SF-1. I tillegg reguleres SF-1 aktivitet av fosforylering (aktivering), acetylering (aktivering) og sumoylering (hemming).

Figurtekst: Illustrasjon av proteinstrukturen til SF-1

SF-1 uttrykkes blant annet i binyrebarken og gonadene. I binyrebarken regulerer SF-1 uttrykking av alle de steroidogene enzymene, som P450 steroidhydroksylasene, og proteiner som kontrollerer transport av kolesterol. I gonadene regulerer SF-1 uttrykking av alle de steroidogene enzymene og også gener involvert i kjønnsdifferensiering.

Figurtekst: Skjematisk oversikt over kjønnsdifferensiering

SF-1 knock out mus (mus som ikke uttrykker SF-1) mangler binyrer og gonader, hannmus har hunnlige ytre genitalier, og musene dør kort tid etter fødselen på grunn av de manglende binyrene.

Figurtekst: A) Hunnlig SF-1 knock out mus B) Hunnlig villtypemus (ikke genmodifisert). Når man sammenligner A) og B) ser vi at binyren (a) som skal ligge oppå nyren (k) mangler hos knock out musen. I tillegg har knock out musen heller ikke utviklet ovarier (o).
C) Hannlig SF-1 knock out mus D) Hannlig villtypemus. Når man sammenligner C) med D) ser vi at knock out musen mangler hannlige interne kjønnsorganer (e (epidydermis) og t (testis)) i tillegg til binyren, i sdedet har den utviklet en ovidukt (od) slik som sen hunnlige knock out musen.

Det er få kjente SF-1 mutasjoner hos mennesker, men de fleste som har mutasjoner i SF-1-genet er XY-kvinner – bare en XX-kvinne med SF-1 mutasjon er kjent. I tillegg til kjønnsreversering (hos XY-kvinnene) er defekter i binyrefunksjon en vanlig konsekvens av mutasjoner i SF-1 genet. SF-1 er med andre ord essensiell for hannlig kjønnsdifferensiering og fungerende binyrer hos mennesker – slik det også er i mus, og mutasjoner i SF-1 genet gir større fenotypisk effekt hos mennesker enn hos mus.

Litt tilbedelse

Her burde det egentlig stått en ode til den fantastiske IT-mannen som har fått den noe tvilsomme ære av å fungere som guru og allviter her ved SDU, men da kreativiteten ikke strakk helt til (OK – mulig jeg ikke en gang prøvde) blir det bare omtale i rosende ordelag. Dagen jeg ankom Odense og universitetet fikk jeg en omvisning som blant annet involverte en tur til IT-folkene. Siden det blir sett på som en nødvendighet å kunne koble datamaskinen sin til internett ble det avtalt et tidspunkt hvor jeg skulle komme og få ordnet tilgang og slikt for min medbrakte maskin, og det skulle vise seg at den heldige utvalgte for den jobben var tidenes søteste og hyggeligste IT-mann. Kombinasjonen av koselighet og avskjedsordene ”hvis det skulle være noe annet du trenger hjelp til er det bare å spørre” har ført til at mitt nye motto er ”when in doubt, spør IT-mannen”. Og han har taklet mine stadige spørsmål med forbilledlig tålmodighet, og vært like hyggelig og blid hver gang. Er det rart man vurderer hvilken koffertstørrelse man vil trenge for å pakke ham med seg når man en gang vender hjem igjen?