24. desember 2008
21. desember 2008
20. desember 2008
Julestemning - Tre nøtter til Askepott
14. desember 2008
13. desember 2008
Julestemning - Last Christmas
7. desember 2008
2. søndag i advent
6. desember 2008
Julestemning - Grana er straight
30. november 2008
1. søndag i advent
23. november 2008
Snø!
16. november 2008
12. november 2008
Formuleringer man bør kjenne til
"It has long been an established fact that..."
- jeg gadd ikke finne originalartikkelen
"It is generally believed that..."
- jeg kjenner noen som er enige med meg
"...of substantial theoretical and empirical importance"
- jeg synes dette er svært interessant
"Although definite answers to these problems have not yet been established..."
- jeg fikk ikke eksperimentet til å fungere ordentlig, men jeg har likevel klart å få en publikasjon ut av det
"Further findings from this study will be published at a later date."
- jeg tror jeg kan få to publikasjoner ut av dette eksperimentet
"Among the more typical results were..."
- de beste resultatene var.../de resultatene som best samsvarer med hypotesen var...
"It is clear that much additional work is required before a complete understanding is available."
- jeg forstår ikke disse resultatene
"A complete theory to account for these findings has not yet been formulated."
- jeg tror ikke noen andre forstår disse resultatene heller
"While this is correct within an order of magnitude,..."
- dette kan ikke være riktig
"It is hoped that this paper will inspire further work in this field."
- jeg er ikke spesielt fornøyd med denne artikkelen, men de andre som har blitt skrevet om det samme temaet er ikke så bra de heller
"Thanks are due to Peter Clark for assistance and to David Jones for valuable discussion."
- Clark utførte eksperimentet og Jones forklarte resultatene for meg

9. november 2008
5. november 2008
1. november 2008
Vil ha!

Jeg vil ha en muse-lemur! Aller helst en sånn som den på bildet, men de andre typene er også ganske fine. Siden de er utrydningstruede burde jeg kanskje ha to (til å begynne med) og drive avl sånn for planeten og menneskehetens beste (ikke fordi jeg har lyst på mange, mange som kjæledyr, åh nei da - jeg er snill og redder verden og greier) eller noe.
29. oktober 2008
Ting jeg har gått glipp av
26. oktober 2008
Lone rider of the rodents

Ellers har jeg oppdaget at det finnes en egen nettside viet bortføring av kuer (de blir selvsagt bortført av aliens), og jeg har brukt uanstendig mye tid på et spill der man driver sitt eget flyselskap (muligens et tegn på at jeg ikke har godt av fri tilgang til internett...). Noen har vært så greie at de har laget denne musikkvideoen slik at også jeg kan føle meg flink til å synge (ja, jeg tror i hvert fall at det er grunnen, det politiske budskapet er nok bare en tilleggsgreie...) Ja, og så blir det aldri feil med denne versjonen av I Will Survive (regner med at jeg ikke kjenner noen sarte sjeler - kun ondinger som kommer til å le).
22. oktober 2008
Nobelpriser og tidsperspektiv
GFP har altså en mengde bruksområder, har vært kjent lenge og endte altså i en Nobelpris nå i 2008 - mer enn 50 år etter at det først ble oppdaget. Og sånn er det vel for de andre Nobelprisene også. Prisen i litteratur gis for forfatterskap, prisen i medisin ble i år delt mellom oppdagelsen av humant papillomavirus (HPV) og human immunodeficiency virus (HIV), prisen i fysikk gikk til pionerarbeid om kvarker (og alle vet vel at hvis det er nevnt i en lærebok så er det en stund siden det ble oppdaget...), fredsprisen gikk til en fredsmekler (noe som forsåvidt hadden en fryktelig logisk klang over seg) og prisen i økonomi gikk til arbeid med analyser av handelsmønstre og lokalisering av økonomisk aktivitet (muligens den mest oppdaterte prisen).
Konklusjonen blir vel at om man går med en liten Nobelprisvinner i magen bør man velge sitt felt med omhu, gjøre en genial oppdagelse/skrive en rekke revolusjonerende og gode bøker (her må man tenke på hvem som definerer en bra bok)/drive heftig lobbyvirksomhet i forhold til sitt (åpenbart) geniale fredsprosjekt og smøre seg med tålmodighet (og det går muligens noe kjappere dersom man er lur og velger å benytte sin genialitet til studier av økonomi - selvsagt med verden som perspektiv).
19. oktober 2008
Intellektualisering - del IV
DNA-metylering
DNA-metylering er binding av en metylgruppe (CH3- der C = karbon og H = hydrogen) til en av nukleotidbasene som DNA er bygget opp av (DNA er bygget opp av fire nukleotidbaser kalt Cytosin (C), Guanin (G), Tymin (T) og Adenin (A)).
Det er bare adenin og cytosin som man vet at metyleres. I flercellede eukaryoter (i denne gruppen finner vi blant annet fisker, mus og mennesker :-)) er DNA-metylering forbundet med ikke-aktivt kromatin (dvs. DNA som ikke aktivt produserer protein) og hemming av genuttrykk. Hemmingen forårsakes enten av at transkripsjonsfaktorer ikke er i stand til å binde til sine gjenkjennelsessekvenser når DNAet er metylert eller fordi det metylerte DNAet gjenkjennes av proteiner som rekrutterer co-repressorer som deaktiverer transkripsjon og modifiserer det omkringliggende kromatinet (dvs. pakker DNAet så tett at genene ikke kan transkriberes – som igjen fører til at det ikke produseres protein).
Man vet ikke så mye om de eksakte mekanismene som fører til at DNA metyleres i pattedyr, men det finnes flere teorier. En teori, som har oppstått fordi DNA-metylering er så utbredt, er at metylering er ”normaltilstanden” slik at bare DNA-sekvenser som er beskyttet mot metylering forblir umetylert.
Det finnes to hovedtyper metylering; vedlikeholdsmetylering og de novo-metylering. Vedlikeholdsmetylering er kopiering av eksisterende metyleringsmønstre fra ”mor”-tråden (den opprinnelige DNA-tråden) til ”datter”-tråden (den nye kopien)ved DNA-replikasjon. Denne formen for DNA-metylering finner sted ved replikasjonssentrene til DNAet i cellekjernen.
De novo-metylering er metylering av tidligere umetylerte CpG-seter (områder av DNA med CCGG-repetisjoner). Denne formen for DNA-metylering kan målrettes ved hjelp av flere mekanismer. Spesifikke domener på metyltransferasene (proteiner som utfører metyleringen) kan gjenkjenne mål-DNA, metyltransferasene kan rekrutteres av proteiner som fungerer som transkripsjonshemmere, eller metyltransferasene kan rekrutteres av RNA-interferens (RNAi) til spesifikke DNA-sekvenser.
Man tror også at DNA-metylering er viktig for å beskytte DNAet mot transposoninfeksjon. Transposoner er DNA-sekvenser som kan bevege seg rundt i genomet til cellene (de kan bare bevege sg rundt i DNAet til cellen de ”bor” i). Ved å bevege seg rundt kan transposonene forårsake mutasjoner i DNAet, aktivering av RNAi-signalveier, dannelse av kombinasjonstranskripter (en kombinasjon av f. eks to gener) og dysregulering av genuttrykk (dvs. at et gen kan uttrykkes på feil tidspunkt, i feilmengde eller ikke i det hele tatt).
15. oktober 2008
Prokrastinering



Mulig jeg burde gjøre noe nyttig istedenfor å skrive tulleinnlegg på bloggen, men jeg følger procrastination cats eksempel.
11. oktober 2008
Gratulerer med dagen Silje!
9. oktober 2008
Sniff
Ja, så begynte det å bli travelt og mye å gjøre med fag og på laben, og da var det mest naturlig at jeg skulle bli syk. Litt snufsete, vatt i hodet og vondt i halsen allerede på mandag - og siden da har det bare blitt verre. Ikke har det hjulpet å gå hjem tidligere, sove mer eller å ta mengder med vitaminer. I tillegg må jeg jobbe i helgen fordi vi nettopp har startet et celleforsøk der avtalen er at jeg passer cellene mens Rasmus er på ferie og så tar han seg av cellene mens jeg er i Oslo. Heldigvis har jeg med et lager med Ibux fra Norge og en plan om å rekke apoteket før det stenger i dag. Og kanskje det hjelper om jeg lager en liten voodoo-dukke av ondingene som smittet meg, i det minste på humøret...Oppdatert: Nesen min har sluttet å virke. Død over bihulebetennelser!
8. oktober 2008
Kommunikasjonssvikt
5. oktober 2008
Intellektualisering - del III
Figurtekst: Illustrasjon av proteinstrukturen til SF-1
SF-1 uttrykkes blant annet i binyrebarken og gonadene. I binyrebarken regulerer SF-1 uttrykking av alle de steroidogene enzymene, som P450 steroidhydroksylasene, og proteiner som kontrollerer transport av kolesterol. I gonadene regulerer SF-1 uttrykking av alle de steroidogene enzymene og også gener involvert i kjønnsdifferensiering.
SF-1 knock out mus (mus som ikke uttrykker SF-1) mangler binyrer og gonader, hannmus har hunnlige ytre genitalier, og musene dør kort tid etter fødselen på grunn av de manglende binyrene.

Figurtekst: A) Hunnlig SF-1 knock out mus B) Hunnlig villtypemus (ikke genmodifisert). Når man sammenligner A) og B) ser vi at binyren (a) som skal ligge oppå nyren (k) mangler hos knock out musen. I tillegg har knock out musen heller ikke utviklet ovarier (o).
C) Hannlig SF-1 knock out mus D) Hannlig villtypemus. Når man sammenligner C) med D) ser vi at knock out musen mangler hannlige interne kjønnsorganer (e (epidydermis) og t (testis)) i tillegg til binyren, i sdedet har den utviklet en ovidukt (od) slik som sen hunnlige knock out musen.
Det er få kjente SF-1 mutasjoner hos mennesker, men de fleste som har mutasjoner i SF-1-genet er XY-kvinner – bare en XX-kvinne med SF-1 mutasjon er kjent. I tillegg til kjønnsreversering (hos XY-kvinnene) er defekter i binyrefunksjon en vanlig konsekvens av mutasjoner i SF-1 genet. SF-1 er med andre ord essensiell for hannlig kjønnsdifferensiering og fungerende binyrer hos mennesker – slik det også er i mus, og mutasjoner i SF-1 genet gir større fenotypisk effekt hos mennesker enn hos mus.
1. oktober 2008
Litt tilbedelse

28. september 2008
Utdrikkingslag
Blant annet fikk vi underholde på festplassen samtidig som forskningsdagene hadde stand der (hei alle på jobben som deltok på forskningsdagene og fikk bivåne det hele).
Det ble selvsagt spist og drukket i løpet av dagen og kvelden (ingenting er som en vodkashot (Amundsen åpenbart) på tom mage), og man hadde jo sørget for standsmessig alkohol for kvelden.
Løsrevet utsagn fra kvelden ”eg e skikkelig god til å holde ballongen i luften mens eg strippar”
24. september 2008
Drømmesykkelen

Ikke at jeg kommer til å kjøpe sykkel mens jeg er her, men dersom jeg skulle kjøpt en skulle den hatt denne stilen.
21. september 2008
Pausemusikk
Og refrenget føles så treffende...
Intellektualisering - del II
Kjernereseptorer er transkripsjonsfaktorer som regulerer funksjoner som homeostase, reproduksjon, utvikling og metabolisme. Aktiveringen av de fleste kjernereseptorer er ligandavhengig, og ligandene kan være steroid- og ikke-steroidhormoner, fettsyrer eller hydroksylerte kolesterolderivater. I tillegg finnes det en gruppe reseptorer som ikke har noen kjent ligand. Disse reseptorene kalles orphankjernereseptorer.
Figurtekst: Oversikt over den generelle strukturen til en kjernereseptor. N = N-terminal (område A/B), DNA = DBD (område C), linkerregion (område D), Ligand = LBD (område E) og C = C-terminal (område F). I tillegg en liten oversikt over noen av kjernereseptorene.Kjernereseptorer kontrollerer transkripsjon av målgener ved å binde til hormonresponselementer (HREer), som er spesifikke DNA-sekvenser i målgenene. De fleste kjernereseptorer binder DNA som dimerer, enten homo- eller heterodimerer, men noen av kjernereseptorene kan binde til DNA som monomerer, og dette er tilfelle for flere av orphankjernereseptorene. Homodimerer binder til palindromer, heterodimerer binder til palindromer, direkte repetisjoner eller inverse palindromer, og monomer binding krever en A/T-rik sekvens foran en enkel AGG/TTCA-sekvens.
Alle kjernereseptorer har en lignende struktur, og består vanligvis av en N-terminal region, et DNA-bindingsdomene (DBD), en linkerregion og et ligandbindingsdomene (LBD). I tillegg har de fleste kjernereseptorer også aktiveringsfunksjon 1 og 2 (AF-1 og AF-2). AF-1 befinner seg nær N-terminalen mens AF-2 befinner seg i LBD. Når en kjernereseptor binder en ligand endres strukturen i LBD og AF-2 stabiliseres i en aktiv posisjon. Denne strukturendringen lar kjernereseptoren binde coaktivatorer, noe som er essensielt for transaktivering (transaktivering = når en transkripsjonsfaktor stimulerer transkripsjon ved å binde til DNA og aktivere nærliggende proteiner). Noen orphankjernereseptorer har ikke LBD, og disse er dermed konstant aktive. Dette er også tilfelle for noen orphankjernereseptorer som alltid har lipider bundet til sine LBDer.
Figurtekst: To kjernereseptorer binder til DNA som heterodimerer (RXR og TR er to forskjellige kjernereseptorer). Da de ikke er bundet til et ligand er de inaktive, og i tillegg hemmes kjernereseptorene av en corepressor. Et hormonligand kommer inn i cellekjernen og binder til kjernereseptorene. Dette fører til at corepressoren byttes ut med en coaktivator, og coaktivatoren rekrutterer RNA polymerase (proteinkompleks som utfører selve transkripsjonen av DNA til RNA).
Når kjernereseptorer binder til DNA kan de enten aktivere eller hemme transkripsjon av DNA avhengig av ligandbinding, modifiseringer som fosforylering og acetylering og interaksjon med coaktivatorer eller corepressorer.
17. september 2008
Mens vi venter på kollisjonen
14. september 2008
Intellektualisering - del I

Figurtekst: Kort oversikt over stegene i steroidhormonproduksjonen
Steroidhormonene produseres i binyrebarken og i gonadene. De steroidhormonene som produseres i binyrebarken kalles corticosteroider og er delt i to hovedgrupper; glucocorticosteroidene, som hovedsakelig påvirker metabolismen til karbohydrater og til en viss grad metabolismen til fett og proteiner (eks. cortisol), og mineralocorticoidene, som regulerer glukose og elektrolyttbalansen i kroppen (eks.aldosteron).
Figurtekst: Binyrene befinner seg på toppen av nyrene og består av to deler; Binyrebarken hvor steroidhormoner produseres og medullaen hvor adrenalin produseres.
I gonadene produseres kjønnshormonene androgener, østrogener og progestiner. Disse steroidhormonene er viktige for regulering av reproduksjon og kjønnsbestemmelse. Steroidhormonene virker ved at de fungerer som ligander (ligand = et ion, molekyl eller en molekylær gruppe som binder til en annen kjemisk forbindelse og sammen med denne danner et større kompleks) for en stor gruppe transkripsjonsfaktorer (transkripsjonsfaktor = et protein som kontrollerer når gener er slått på (produserer protein) og av (produserer ikke protein)) kalt kjernereseptorer (kjernereseptor = intracellulære reseptorproteiner som binder til hydrofobe signalmolekyler eller intracellulære metabolitter, aktiveres av denne bindingen og initierer transkripsjon av gener ved å binde til spesifikke DNA-sekvenser). Ved å aktivere kjernereseptorer bidrar steroidhormonene til aktivering av målgener og produksjon av spesifikke proteiner.
Figurtekst: Steroidhormonet går inn i cellen gjennom cellemembranen og binder til kjernereseptoren. Kjernereseptoren aktiveres og dimeriserer (2 aktiverte kjernereseptorer går sammen og danner et kompleks). Den dimeriserte kjernereseptoren går så inn i cellekjernen og binder til sin gjenkjennelsessekvens på DNAet. Dette fører til rekruttering av coaktivatorer og RNApolymerase, og aktivering av transkripsjon (produksjon av mRNA fra DNA). mRNAet går ut av cellekjernen og translateres til protein.
9. september 2008
Reisebrev - del I

Siden det var så mye jeg ikke fikk med meg ble lørdagen benyttet til å anskaffe nødvendigheter i kombinasjon med utsjekking av shoppingmulighetene. Det viste seg at Odense er en mye mindre by enn jeg hadde sett for meg, og selv om universitetsområdet ligger i utkanten er det ikke verre enn at man kommer seg dit raskt på sykkel (jeg kom meg dit raskt på sykkel og min kondis ligger i minusenden av skalaen - gjort i en fei for en med kondis med andre ord). At jeg ennå ikke har utforsket hele byen skyldes mer at det etterhvert ble så mye å bære enn at det var et for stort område å utforske.
To be continued....det er i hvert fall planen. Hilsen Tante Reisende Mac
3. september 2008
Russell Brand
31. august 2008
Dagens spørsmål II
Og så blir jeg stadig sjokkert over hva folk får seg til å gjøre...
27. august 2008
Verdens dyrest kaffe (sånn ca)
23. august 2008
Litt Star Wars
20. august 2008
USAs neste president
17. august 2008
Bryllup i slekten

Bordpynten var fjong med peoner og roser:
Kakebordet var selvsagt plassert under portrettet av kongen og dronningen.
Og ellers var det pyntet fint med blomster:
Ingen bilder av meg - for en gangs skyld klarte jeg å snike meg unna luskende slektninger med fotoapparat, så det finnes ikke flere enn de høyst nødvendige bildene av meg fra anledningen (man blir nødt til å være med når bildene er av typen; de tre jevngamle kusinene (og bruden er en av dem...), alle kusinene på ett bilde, alle gjestene på ett bilde osv). Veldig fornøyd.




















