Litt tilbedelse

Her burde det egentlig stått en ode til den fantastiske IT-mannen som har fått den noe tvilsomme ære av å fungere som guru og allviter her ved SDU, men da kreativiteten ikke strakk helt til (OK – mulig jeg ikke en gang prøvde) blir det bare omtale i rosende ordelag. Dagen jeg ankom Odense og universitetet fikk jeg en omvisning som blant annet involverte en tur til IT-folkene. Siden det blir sett på som en nødvendighet å kunne koble datamaskinen sin til internett ble det avtalt et tidspunkt hvor jeg skulle komme og få ordnet tilgang og slikt for min medbrakte maskin, og det skulle vise seg at den heldige utvalgte for den jobben var tidenes søteste og hyggeligste IT-mann. Kombinasjonen av koselighet og avskjedsordene ”hvis det skulle være noe annet du trenger hjelp til er det bare å spørre” har ført til at mitt nye motto er ”when in doubt, spør IT-mannen”. Og han har taklet mine stadige spørsmål med forbilledlig tålmodighet, og vært like hyggelig og blid hver gang. Er det rart man vurderer hvilken koffertstørrelse man vil trenge for å pakke ham med seg når man en gang vender hjem igjen?

Utdrikkingslag

Så kom dagen da Suzanne skulle utdrikkes, og siden hun hadde oversett utallige hint om hvilken dag det skulle skje fikk hun oppleve den spennende følelsen av å være grundig lurt. Iført håndsydd overgangsriteantrekk ble den blussende bruden sendt på rebusløp sammen med mer eller mindre kompetente hjelpere.


Blant annet fikk vi underholde på festplassen samtidig som forskningsdagene hadde stand der (hei alle på jobben som deltok på forskningsdagene og fikk bivåne det hele).

Det ble biljakt mot den skumle Snusmumrikmafiaen rundt teltene til forskningsdagene.

Skattekartet ble etter mye om og men reddet fra esken uten åpenbar åpningsmekanisme (heter sikkert noe som jeg ikke har fått med meg), og skatten ble funnet.


Det ble selvsagt spist og drukket i løpet av dagen og kvelden (ingenting er som en vodkashot (Amundsen åpenbart) på tom mage), og man hadde jo sørget for standsmessig alkohol for kvelden.

Stand-in brud Monica (selvsagt finnes det stand-in bruder, alle storheter har stand-in).

Ellers var vi hos fotograf, lærte magedans, fant ut hvor mange barn Suzanne kommer til å få (lykke til sier nå jeg) og hadde det kjekt. En vellykket dag fra arrangør Marit.

Løsrevet utsagn fra kvelden ”eg e skikkelig god til å holde ballongen i luften mens eg strippar”

Drømmesykkelen

Da jeg var på omvisning på instituttet var et av temaene som ble tatt opp hvordan jeg hadde tenkt å komme meg til og fra universitetet. Jeg hadde vel egentlig ikke noen plan, så da det viste seg at de hadde en sykkel jeg kunne låne slo jeg til - selv om jeg vel strengt tatt var noen cm for lav for den (er foruroligende ofte noen cm for lav). Etter hvert som jeg har vent meg til sykkellivets gleder har jeg også begynt å se på andres sykler, og en ettermiddag jeg hentet sykkelen "min" i sykkelkjelleren så jeg drømmesykkelen; en Mustang Classic. Dessverre tok jeg ikke bilde, men denne sykkelen har samme stil:


Ikke at jeg kommer til å kjøpe sykkel mens jeg er her, men dersom jeg skulle kjøpt en skulle den hatt denne stilen.

Pausemusikk

Litt pausemusikk mens det vurderes om det er en god ide å legge ut bilder fra helgens begivenhet. Skal bare være sikker på at virkningen av den rosa Champagnen har gitt seg helt først.



Og refrenget føles så treffende...

Intellektualisering - del II

Kjernereseptorer

Kjernereseptorer er transkripsjonsfaktorer som regulerer funksjoner som homeostase, reproduksjon, utvikling og metabolisme. Aktiveringen av de fleste kjernereseptorer er ligandavhengig, og ligandene kan være steroid- og ikke-steroidhormoner, fettsyrer eller hydroksylerte kolesterolderivater. I tillegg finnes det en gruppe reseptorer som ikke har noen kjent ligand. Disse reseptorene kalles orphankjernereseptorer.

Figurtekst: Oversikt over den generelle strukturen til en kjernereseptor. N = N-terminal (område A/B), DNA = DBD (område C), linkerregion (område D), Ligand = LBD (område E) og C = C-terminal (område F). I tillegg en liten oversikt over noen av kjernereseptorene.

Kjernereseptorer kontrollerer transkripsjon av målgener ved å binde til hormonresponselementer (HREer), som er spesifikke DNA-sekvenser i målgenene. De fleste kjernereseptorer binder DNA som dimerer, enten homo- eller heterodimerer, men noen av kjernereseptorene kan binde til DNA som monomerer, og dette er tilfelle for flere av orphankjernereseptorene. Homodimerer binder til palindromer, heterodimerer binder til palindromer, direkte repetisjoner eller inverse palindromer, og monomer binding krever en A/T-rik sekvens foran en enkel AGG/TTCA-sekvens.

Alle kjernereseptorer har en lignende struktur, og består vanligvis av en N-terminal region, et DNA-bindingsdomene (DBD), en linkerregion og et ligandbindingsdomene (LBD). I tillegg har de fleste kjernereseptorer også aktiveringsfunksjon 1 og 2 (AF-1 og AF-2). AF-1 befinner seg nær N-terminalen mens AF-2 befinner seg i LBD. Når en kjernereseptor binder en ligand endres strukturen i LBD og AF-2 stabiliseres i en aktiv posisjon. Denne strukturendringen lar kjernereseptoren binde coaktivatorer, noe som er essensielt for transaktivering (transaktivering = når en transkripsjonsfaktor stimulerer transkripsjon ved å binde til DNA og aktivere nærliggende proteiner). Noen orphankjernereseptorer har ikke LBD, og disse er dermed konstant aktive. Dette er også tilfelle for noen orphankjernereseptorer som alltid har lipider bundet til sine LBDer.

Figurtekst: To kjernereseptorer binder til DNA som heterodimerer (RXR og TR er to forskjellige kjernereseptorer). Da de ikke er bundet til et ligand er de inaktive, og i tillegg hemmes kjernereseptorene av en corepressor. Et hormonligand kommer inn i cellekjernen og binder til kjernereseptorene. Dette fører til at corepressoren byttes ut med en coaktivator, og coaktivatoren rekrutterer RNA polymerase (proteinkompleks som utfører selve transkripsjonen av DNA til RNA).

Når kjernereseptorer binder til DNA kan de enten aktivere eller hemme transkripsjon av DNA avhengig av ligandbinding, modifiseringer som fosforylering og acetylering og interaksjon med coaktivatorer eller corepressorer.

Mens vi venter på kollisjonen

Her på laboratoriet interesserer vi oss selvsagt for flere vitenskapelige områder enn molekylærbiologi, og når fysikerne har gått hen og laget en maskin som, hvis de er heldige, kan simulere teoriene bak "Big Bang"-teorien gleder vi oss selvsagt storlig og følger det hele med interesse (CERN uttaler seg i veldig sikre vendinger, men alle som har erfaring med laboratorieeksperimenter vet at ting gjerne går anderledes enn man hadde tenkt og det helt uten noen oppdagbar årsak (for så å muligens fungere igjen neste gang...)). Hadde det vært en science fiction roman ville de klart å skape nye universer, men det er nok heller urealistisk (selv om det er lov å håpe - litt hvertfall). Så man justerer håpet til små svarte hull (helst ustabile, man har da ikke et dødsønske - selv om det hadde vær ganske spektakulært med et gigantisk svart hull) og ny viten innen partikkelfysikk. Uansett fryktelig gøy at noen ikke bare tenker at det hadde vært artig å se hva som skjedde dersom man fikk protoner til å krasje med hverandre ved høy hastighet, men som faktisk skaffer seg pengestøtte og gjennomfører (og ja, dette er mest en post om hvor gøy jeg synes dette prosjektet er). Den som bare hadde 50 milliarder kroner til å bruke på forskningen sin (de deler, jeg er ikke fullt så snill).

Intellektualisering - del I

Steroidhormoner

Steroidhormoner (hormon = en kjemisk substans som produseres i kroppen, og som regulerer aktiviteten til visse celler eller organer) er hormoner som dannes fra kolesterol ved hjelp av et sett enzymer (enzym = et protein som fungerer som biokjemisk katalysator) kalt cytochrome P450 og steroiddehydrogenaser (dehydrogenase = et enzym som katalyserer fjerningen av hydrogen fra et substrat (forbindelsen man vil dehydrogenisere)).

Figurtekst: Kort oversikt over stegene i steroidhormonproduksjonen

Steroidhormonene produseres i binyrebarken og i gonadene. De steroidhormonene som produseres i binyrebarken kalles corticosteroider og er delt i to hovedgrupper; glucocorticosteroidene, som hovedsakelig påvirker metabolismen til karbohydrater og til en viss grad metabolismen til fett og proteiner (eks. cortisol), og mineralocorticoidene, som regulerer glukose og elektrolyttbalansen i kroppen (eks.aldosteron).

Figurtekst: Binyrene befinner seg på toppen av nyrene og består av to deler; Binyrebarken hvor steroidhormoner produseres og medullaen hvor adrenalin produseres.

I gonadene produseres kjønnshormonene androgener, østrogener og progestiner. Disse steroidhormonene er viktige for regulering av reproduksjon og kjønnsbestemmelse. Steroidhormonene virker ved at de fungerer som ligander (ligand = et ion, molekyl eller en molekylær gruppe som binder til en annen kjemisk forbindelse og sammen med denne danner et større kompleks) for en stor gruppe transkripsjonsfaktorer (transkripsjonsfaktor = et protein som kontrollerer når gener er slått på (produserer protein) og av (produserer ikke protein)) kalt kjernereseptorer (kjernereseptor = intracellulære reseptorproteiner som binder til hydrofobe signalmolekyler eller intracellulære metabolitter, aktiveres av denne bindingen og initierer transkripsjon av gener ved å binde til spesifikke DNA-sekvenser). Ved å aktivere kjernereseptorer bidrar steroidhormonene til aktivering av målgener og produksjon av spesifikke proteiner.

Figurtekst: Steroidhormonet går inn i cellen gjennom cellemembranen og binder til kjernereseptoren. Kjernereseptoren aktiveres og dimeriserer (2 aktiverte kjernereseptorer går sammen og danner et kompleks). Den dimeriserte kjernereseptoren går så inn i cellekjernen og binder til sin gjenkjennelsessekvens på DNAet. Dette fører til rekruttering av coaktivatorer og RNApolymerase, og aktivering av transkripsjon (produksjon av mRNA fra DNA). mRNAet går ut av cellekjernen og translateres til protein.